Заказчику и победителю следует заключать контракт по цене, которую предложил такой участник, но на тех условиях, которые были указаны в проекте контракта и смете. Поэтому оставьте НДС в цене и смете. Это установлено в частях 1 и 2 статьи 34, части 10 статьи 83.2 Закона № 44-ФЗ и подтверждено судебной практикой - определение Верховного Суда РФ от 23.09.2019 № 306-ЭС19-15999 по делу № А12-25318/2018.
Поясните победителю, что в этом случае подрядчик на УСН все равно сохраняет право получить полную сумму, и не обязан платить НДС. Главное — нельзя выставлять заказчику счет-фактуру с НДС. Платить налог не потребуется, даже если в платежном поручении заказчик выделит НДС. Вывод следует из письма ФНС от 08.11 2016 № СД-4-3/21119@. Также поясните, что заплатите по контракту полностью. Оснований удержать деньги, нет ни в Законе № 44-ФЗ, ни в НК.
Индивидуальный предприниматель может сначала представить формы КС-2 на исполненные работы без НДС и затем КС-2 на сумму НДС, с приведенными в вопросе расчетами, с формулировкой - корректировка стоимости выполненных работ до контрактной твердой цены по результатам заключения контракта, без ссылки, что это размер НДС. Суд в аналогичной ситуации обязал заказчика оплатить эту дополнительную сумму - постановление Арбитражного суда Уральского округа от 29.01.2019 №№ Ф09-8931/2018, А60-11506/2018.